Что лучше использовать: get_theme_file_uri() или get_template_directory_uri()

get_theme_file_uri() работает на базе get_template_directory_uri(), поэтому для производительности лучше вторую юзать (но это не принципиально, там прирост мизерный). Первая для публичных тем подходит, чтобы дочерние темы правильно работали...

Функция отличается от похожих на нее функций: get_stylesheet_directory_uri() и get_template_directory_uri(), тем что она на основе этих функций ищет указанный файл: сначала в дочерней теме, если его там нет, то ищет его в родительской. А с помощью этих двух функций можно просто получить URL либо дочерней (если она есть или родительской если её нет), либо напрямую родительской темы.

Если ты делаешь тему для себя, то не надо использовать эту функцию, потому что дочерней темы у тебя в принципе не будет. В противном случае, очень желательно юзать именно эту функцию.