Имеет ли смысл, в functions.php, в функциях использовать after_setup_theme ?

В каких функциях? Когда вызываются эти функции?

Суть этого хука - делать что-либо, после того как будут отработан весь код из файлов functions.php родительской и дочерней темы.

В 99% случаев нет разницы выполнять код прямо в functions.php или через хук after_setup_theme.

Приведу такой пример, чтобы было понятнее. Допустим мы расширяем тему через дочернюю. Там в functions.php мы определили глобальную переменную $content_width. Затем подключается файл functions.php родительской темы и изменяет эту переменную. В результате наши изменения в дочерней теме сводятся к нулю. Чтобы этого не было мы можем повесить определение этой переменной на хук after_setup_theme. Тогда наши изменения будут срабатывать позднее и будут перебивать изменения сделанные в файле functions.php родительской темы.

Но на самом деле я почти не представляю ситуацию, когда бы использование кода в functions.php напрямую отличалось от использования его в момент хука after_setup_theme.

Где-то пишут, что в момент after_setup_theme авторизованный пользователь еще не определен. Но это, как правило, не так, там уже определена глобальная переменная $current_user. А если нет, то мы можешь получить текущего пользователя через wp_get_current_user().

Резюмируя вышесказанное - нет, смысла нет