Как безопасно (правильно) добавить js на страницу?

Вариант 1

Если добавляемый код зависит от какого-то другого скрипта, например jquery, то правильнее всего юзать функцию wp_add_inline_script().

add_action('wp_enqueue_scripts', function(){
	wp_enqueue_script('my_scripts', get_stylesheet_directory_uri() .'/my_scripts.js' );

	// добавим произвольный код
	wp_add_inline_script('my_scripts', 'alert("Привет!");');
});

/* Получим в HTML коде
<script type='text/javascript' src='http://example.com/wp-content/themes/mytheme/my_scripts.js'></script>
<script type='text/javascript'>
alert("Привет!");
</script>
*/

Вариант 2

Если код ни от чего не зависит, то используй любой хук, например wp_footer и через него добавляй тег <script> с JS кодом внутри.

<?php
add_action( 'wp_footer', 'my_wp_footer_js' );
function my_wp_footer_js(){
	?>
	<script>
		var my_var = 'скрипт работает!';
		console.log( my_var );
	</script>
	<?php
}