Как переопределить вывод скриптов и стилей в подвал?

Ой, опасное это дело. Но можно...

Смотрим приоритеты, а то они меняются от версии к версии... Открываем файл wp-includes/default-filters.php и находим там нужные события:

add_action( 'wp_head',             'wp_print_styles',                  8    );
add_action( 'wp_head',             'wp_print_head_scripts',            9    );
add_action( 'wp_footer',           'wp_print_footer_scripts',         20    );

Теперь, отключаем их и подключаем на свое событие, которое будет вызываться в функции, которая будет вызываться где-то в конце:

// отключаем
remove_action( 'wp_head',   'wp_print_styles',          8 );
remove_action( 'wp_head',   'wp_print_head_scripts',    9 );
remove_action( 'wp_footer', 'wp_print_footer_scripts', 20 );

// пере-подключаем
add_action( 'my_print_stsc', 'wp_print_styles' );
add_action( 'my_print_stsc', 'wp_print_head_scripts' );
add_action( 'my_print_stsc', 'wp_print_footer_scripts' );

// добавляем событие в функцию нашу...
function the_my_js_css(){
	// бал бла бла...

	do_action('my_print_stsc');
}

Теперь нужно в подвале вызывать функцию the_my_js_css(), так где должны выводиться скрипты и стили.

Быстрое перемещение скриптов и стилей в подвал

Чтобы не мучатся, можно так сделать - просто выключаем фильтры вывода в шапке и все что не вывелось там "вылезет" в подвале...

remove_action( 'wp_head',   'wp_print_styles',          8 );
remove_action( 'wp_head',   'wp_print_head_scripts',    9 );

П.С. ладно со скриптами понятно, а вот стили то зачем в подвале? Моргать же будет сайт...