rel=canonical: как сделать канонический url самой записи на страницах пагинации комментариев?

Вариант для версии WP 4.6+ (обновлен 2019-08-10)

add_filter( 'get_canonical_url', 'remove_comment_page_canonical_url', 10, 2 );
function remove_comment_page_canonical_url( $canonical_url, $post ){

	// for comment page of current post only
	if ( get_query_var( 'cpage', 0 ) && $post->ID === get_queried_object_id() ) {
		$canonical_url = get_permalink( $post );
	}

	return $canonical_url;
}

Вариант для версии WP меньше 4.6

За вывод канонических ссылок в WordPress отвечает функция rel_canonical(). Подключается она через фильтр wp_head.

Так как функция не предоставляет никаких фильтров, чтобы изменить её поведение вам нужно удалить фильтр и добавить свой, при этом создав аналогичную функцию, копируем код функции и изменяем его:

remove_action( 'wp_head', 'rel_canonical');
add_action( 'wp_head', 'kama_rel_canonical');
function kama_rel_canonical(){
	if ( ! is_singular() ) {
		return;
	}

	if ( ! $id = get_queried_object_id() ) {
		return;
	}

	$url = get_permalink( $id );

	$page = get_query_var( 'page' );
	if ( $page >= 2 ) {
		if ( '' == get_option( 'permalink_structure' ) ) {
			$url = add_query_arg( 'page', $page, $url );
		} else {
			$url = trailingslashit( $url ) . user_trailingslashit( $page, 'single_paged' );
		}
	}

	/* этот блок отвечает за пагинацию комментариев, поэтому его закроем
	$cpage = get_query_var( 'cpage' );
	if ( $cpage ) {
		$url = get_comments_pagenum_link( $cpage );
	}
	*/

	echo '<link rel="canonical" href="' . esc_url( $url ) . "\" />\n";
}

Добавьте код в functions.php и Все готово!

Теперь любая страница комментариев будет иметь в канонической ссылке основной URL записи.