Как изменить дефолтные настройки таксономии category?

Если я правильно понял, тебе нужно изменить метабокс, чтобы как в метках рубрики можно было выбирать поиском? Сделать это можно изменив настройку по умолчанию у зарегистрированной таксономии рубрик - category/ В частности нужно изменить параметр meta_box_cb, подробнее про параметр смотри в описании register_taxonomy()

add_action( 'init', 'modify_category_tax_options', 11 );
function modify_category_tax_options() {
	global $wp_taxonomies;
	$wp_taxonomies['category']->meta_box_cb = 'post_tags_meta_box';
}

Код проверил, после его установки метабокс рубрик в админке при редактировании записи превратиться в такой же как у меток...