Удаление shortlink

1) Нужно ли ее оттуда тоже удалять?

Я вообще не вижу смысла их удалять, впрочем зачем они вообще нужны тоже не знаю. Поэтому, скажу так - можно удалить если не нравятся они вам... В этом нет ничего страшного, вроде.

2) Он действует, но ничего лишнего кроме этой короткой ссылки он не будет "подрезать"?

Нет, он удалить только эту часть заголовка, ничего лишнего... Вот функция эта:

function wp_shortlink_header() {
	if ( headers_sent() )
		return;

	$shortlink = wp_get_shortlink(0, 'query');

	if ( empty($shortlink) )
		return;

	header('Link: <' . $shortlink . '>; rel=shortlink', false);
}

3) и еще в конце этих функций есть цифры ,10 или ,11 (тот код что я скинул), что они означают?

Это приоритеты хука. Они важны! Чтобы удалить хук, нужно указать его приоритет обязательно! Если приоритеты не совпадают, то хук не удалиться! Т.е. строка

remove_action('template_redirect', 'wp_shortlink_header');

Не будет работать!

Пример удаления хука с приоритетом:

function foo(){
	echo 'мой текст';
}

add_action('myaction', 'foo', 11);

do_action('myaction'); //> выведет: 'мой текст'

remove_action('myaction', 'foo'); // пробуем удалить без приоритета

do_action('myaction'); //> выведет: 'мой текст' хотя мы вроде удалили событие!

remove_action('myaction', 'foo', 11); // удаляем с приоритетом

do_action('myaction'); //> ничего не выведет. Потому что мы удалили событие правильно!

-

Подытожу:
Вы все сделали правильно!

Добавил пример в описание wp_get_shortlink()

Насчет приоритетов прочитайте раздел: как удалить хук